Hugo Eckener wurde am 10. August 1868 in Flensburg geboren. Er besuchte die St. Marien-Knabenschule und später das "Alte Gymnasium". Nach dem Abitur studierte er Philosophie, promovierte anschließend und war dann freier Mitarbeiter der „Flensburger Nachrichten“. 

Um 1900 siedelte Eckener von Flensburg nach Friedrichshafen über. Im Ersten Weltkrieg bildete Eckener Luftschiffer in Nordholz aus. Hugo Eckener wurde der Nachfolger von Ferdinand Graf von Zeppelin. Unter seiner Regie entstanden unter anderem die Zeppeline LZ127 „Graf Zeppelin“ und LZ129 „Hindenburg“.

Am 12. Oktober 1924 startete Eckener in Friedrichshafen am Bodensee mit dem Zeppelin LZ 126 zur Atlantiküberquerung. Das Luftschiff war Teil der deutschen Reparationszahlungen an die USA als Folge des Ersten Weltkriegs. Mit der Landung in Lakehurst am 15. Oktober 1924 gelang Eckener die erste Atlantiküberquerung mit einem Zeppelin. Zuvor war dies nur dem englischen Luftschiff R34 gelungen. Die Stadt Flensburg ernannte ihn daraufhin im gleichen Jahr zum Ehrenbürger.

Zwischen den Weltkriegen zählte er zu den am höchsten dekorierten Deutschen. 1932 wurde Eckener sogar als Kandidat für die Präsidentenwahl vorgeschlagen. Eckener zog die Kandidatur jedoch zurück, als Hindenburg erneut nominiert wurde. Da er die Politik der Nationalsozialisten nicht unterstützte, musste er Anfang 1936 die Leitung der Zeppelinwerke an den Luftschiffkapitän Ernst A. Lehmann abgeben.

Er starb am 14. August 1954 in Friedrichshafen.